Muska arrive au centre de contrôle de Laputa, qui contient la pierre de lévitation géante permettant de faire flotter Laputa. Sheeta, qui se demande comment Muska en connaît autant sur Laputa, lui demande qui il est réellement. Il lui révèle être descendant de Laputa lui-même.

Maintenant qu'il a le contrôle du château, Muska dit au Général Mouroa et ses hommes de venir dans la salle d'observation afin de leur montrer l'incroyable pouvoir de Laputa. Le général le remercie pour ses services et tente de le tuer. Muska, qui s'y était préparé, ouvre la trappe de l'observatoire et envoient les militaires à leur mort. Il libère ensuite des centaines de soldats-robots sur les troupes restantes. Paniquées, elles tentent de s'enfuire avec le Goliath, mais les robots détruisent le vaisseau géant. Pendant que Muska s'amuse de ce massacre, Sheeta parvient à lui dérober la pierre. Incapable de contrôler Laputa sans la pierre, Muska prend Sheeta en chasse.

Quand Pazu et Sheeta se retrouvent enfin, ils sont séparés par un mur. Sheeta, désespérée, lui passe la pierre à travers un trou et lui demande de s'en débarrasser. Muska arrive alors et tire sur Pazu, mais il le rate. Pazu utilise son arme pour élargir le trou et repartir à la recherche de Sheeta.

Arrivée dans la salle du trône, Sheeta réalise qu'elle est prise au piège. Elle fait face alors à Muska et lui dit qu'on ne peut pas vivre dans le ciel, détachés de ses racines. Et c'est pour cela que personne ne vit sur Laputa. Muska refuse de la croire et se prépare à la tuer. Pazu arrive juste à temps et dit à Muska qu'il n'aura jamais la pierre s'il fait du mal à Sheeta.

Autorisé à lui parler trois minutes, Pazu demande à Sheeta de lui révéler le charme destructeur de sorte qu'ils puissent le déclamer ensemble. Quand ils le font, le pendentif émet une lumière intense. Elle ne fait pas qu'éblouir Muska mais libère aussi la pierre de lévitation géante retenant Laputa.

Les fondations du château commencent alors à se désagréger et tombent dans la mer. Dola et les pirates, ayant échappés à la destruction avec leurs flapters, pensent que Pazu et Sheeta sont condamnés. Puis l'île arrête sa chute. La grande pierre de lévitation est maintenant prise dans les racines du grand arbre et emporte la partie supérieure de l'île dans les cieux.

Pazu et Sheeta sont parvenus à s'échapper dans leur planeur. Emus, ils regardent une dernière fois Laputa, qui s'éloigne petit à petit. Ils rejoignent les pirates qui sont fous de joie de les revoir vivants. Peu après, les deux enfants disent leurs adieux et s'en vont retrouver leur chez soi.