Noriko est de retour sur terre après sa dernière bataille contre les forces Aliens.

10 ans se sont écoulées depuis sont départ et elle est étonnée de recevoir son diplôme de pilote aussi tôt, en ce 31 juillet. En effet, pour elle, seul quelques mois se sont écoulés.

Au cours d'une promenade avec Kasumi, elle tombe sur son ancienne camarade d'école, Kimiko, qui est maintenant mariée et a une petite fille du nom de Takami.

Kimiko demande à Noriko d'user, si elle le peut, de ses relations pour permettre à Takami de fuir la terre dans le seul vaisseau d'évacuation disponible, l'Eltreum, en cas d'invasion extra terrestre.

De retour dans sa chambre, Noriko ne peut s'empêcher d'être nostalgique en passant à ces dix années passées sur Terre qu'elle n'a pas vécue.

Le 6 août, à l'observatoire Palomar, a été repéré la flotte ennemie dans la constellation de la harpe. Le haut commandement, devant le nombre impressionnant d'ennemi, plus de 100 millions estimés, reste impuissant.

Au même instant, le lieutenant Takaya Noriko est appellée dans le quartier des officers par le lieutenant-colonel Ohta.

En arrivant, Noriko découvre Ohta et kasumi en pleine discussion agitée et Ohta envoie une gifle à Kasumi.

Quelques secondes après son départ, le coach s'écroule victime d'un malaise, du sang s'écoulant de sa bouche.

Noriko essaie d'appeler les secours, mais le coach raccroche le téléphone et menace de mort Noriko si elle raconte ce qui s'est passé à Kasumi.

Le coach dit à Noriko que l'ennemi va bientôt attaquer la terrre, et qu'elle doit à tous prix triompher. Que si il la choisi elle et Kasumi, c'est qu'elles sont les meilleurs pilotes, aptes à piloter le Gunbuster et représentant ensembles l'unique chance de l'humanité !

Il avoue également sa faiblesse de ne pas avoir pu protéger le capitaine Takaya (le père de Noriko) de sa vie et a voulu pour s'en excuser, lui transmettre son savoir afin qu'elle triomphe de l'ennemi !

Il lui demande enfin de ne rien dire à Amano car elle est trop faible et cette nouvelle pourrait la déstabiliser et l'empêcher de combattre les forces Aliennes !

L'état major des forces spatiales terrestres, qui est toujours en réunion, n'arrive toujours pas à choisir la tactique la mieux adaptée pour contrer les forces ennemies.

Soudain, le lieutenant-colonel Ohta fait irruption, afin de proposer une solution au problème présent.

Il faudrait utiliser l'Exelion et le faire exploser au milieu de la flotte ennemie afin de créer un trou noir qui absorberait tout ce qui se trouverait aux alentours, les ennemis comme les planètes à proximités !

Pour réussir dans cette entreprise, il est nécessaire de faire appel au deux vaisseaux Buster Machines disponibles, pilotés respectivement par Noriko et Kasumi.

Dans la "voiture" sur rail qui les emmenent à la base spatial, Noriko tente de parler de l'état du coach à Kasumi, car elle se doute déjà que cette dernière connait la vérité.

Kasumi répond qu'elle sait déjà que le coach est malade mais que des milliards de vies étant en jeu, il ne faut pas se soucier d'une seule !

Au moment de partir, Noriko aperçoit le coach de sa navette, et demande à Kasumi si elle va épouser le coach à son retour sur Terre.

Kasumi explique à Noriko que le coach est victime des radiations spatiales et qu'il n'a peut être pas 6 mois à vivre ! (Rappel : la mission va en effet durer quelques heures pour Noriko et Kasumi, mais sur Terre, plusieurs mois auront passés !)

Noriko est bouleversé par cette nouvelle et essaie d'appeler le coach pour des explications, mais la navette décolle, lui rappelant que sa mission est prioritaire de l'état physique du coach !

Pendant la phase d'acceleration nécessaire pour rejoindre la flotte ennemie, Noriko ne peut s'empêcher de compter les jours terriens, représentés sur un cadran, lui indiquant la durée "réelle" de sa mission !

En arrivant face à la flotte ennemie, Noriko et Kasumi doivent construire un chemin pour l'Exelion en détruisant à coup de rayons lasers les nombreux vaisseaux ennemis se trouvant devant eux !

Ayant oublier le cadran, Noriko y jette un rapide coup d'oeil. Ce dernier indique qu'il s'est déjà passé 4 mois sur Terre ! En voyant cela, Kasumi refuse d'avancer et décide de revenir sur ses pas pour retrouver le coach ! Kasumi pleure de ne pas avoir pu avouer son amour au Coach et sait que même si elle rentre maintenant, il sera trop tard pour cela !

Noriko demande à Kasumi de se ressaisir et de se battre pour le coach qui a sacrifié les 6 derniers mois qui lui resté pour sa mission, et pas seulement pour lui mais pour Jung et le reste du monde !

Kasumi, reprend courage et décide de lancer la procédure d'assemblage du Gunbuster ! Les 2 vaisseaux se transforment donc chacun en une partie du Gunbuster, piloté par Noriko assisté de Kasumi en temps que co-pilote !

Le Gunbuster arrive facilement à réduire en piece tout les Aliens qui s'opposent à l'avancé de l'Exelion vers le centre de la flotte, et ce dernier explose comme prévu, créant le trou noir prévu par le coach !

De retour sur terre, Noriko et Kasumi se précipite à l'hôpital, et découvre le coach vivant !

Kasumi se jette dans ses bras, et Noriko décide donc de les laisser tout les deux, pour rejoindre le Gunbuster qui l'attend dehors sur la colline surplombant la ville.