Le commandant de l'Exelion est en réunion avec des savants et son état major.

Un savant explique au commandant que l'objectif des Aliens n'est pas seulement l'utilisation de planête pour se nourrir mais l'extinction de l'humainté.

L'humanité représenterait le virus de la galaxie et les Aliens seraient les anticorps !

Pendant ce temps, Noriko entame une longue période d'entrainement auprès du coach afin d'apprendre le maniement complexe du Gunbuster, dont elle sera la future pilote. Jung Freud, qui assiste à un de ses entrainement, est jalouse de l'attention que porte le coach à Noriko et défi donc celle-ci en duel pour prouver que Noriko lui est toujours inférieure.

Noriko accepte, mais une fois dans l'espace, elle ne peut s'empêcher de penser à la mort de Smith et prise de panique, elle s'effondre à genoux, devenue hystérique !

De retour au vaisseau, Jung se fait réprimander par Kasumi, qui l'accuse d'être jalouse de Noriko ! Jung retorque que Kasumi est également jalouse de l'attention que porte le coach sur Noriko et pas sur elles !

Elle ajoute également que Noirko mourra surement si elle retourne dans l'espace, du fait de son manque évident de maturité pour une bataille !

Noirko, qui a tout entendu de son lit, ne peut s'empêcher de pleurer et de penser à Smith.

.Plus tard, Kasumi rend visite au coach, qui a l'air absorbé par sa partie de Go !

Elle lui demande de bien vouloir arrêter de se servir de Noriko comme outil de vengeance, car cette dernière n'est définitivement pas qualifiée pour piloter le Gunbuster !

Le coach lui assure que Noriko est capable de piloter le Gunbuster, mais que l'heure viendra bientôt ...

Le commandant de l'Exelion décide de revenir sur terre en éffectuant un Warp, ceci afin d'éviter que les Aliens ne connaissent la position de la planete Terre dans le système solaire.

Malheuresement, les Aliens déclenchent une attaque pendant le Warp et contraignent la flotte a arrêter le Warp, le radar restant inopérant dans le Subespace.

Ceci permet par contre de révéler la position de la Terre aux Aliens. Mais le plus important reste encore la bataille qu'il va falloir mener ...

En effet, le vaisseau amiral Exelion se trouve encercler par 12 autres vaisseaux et l'escadron "Top" doitêtre lancé !

Linda, une amie de Jung, a vu sa machine endommagée durant l'attaque des Aliens dans le subespace. Le coach decide donc de confier la machine de Takaya à Linda et demanda à Takaya de rester à bord. Cette dernière accepte, a contre coeur .

La bataille fait rage, et l'ennemi, bien supérieur en nombre, tient en echec les RX-7 et les torpilles à photons de l'Exelion !

Pendant ce temps, Noriko, seule dans le dortoir des filles, maudit sa faiblesse et pleure sur son existence.

Soudain, elle releve la tête, comme décidée à changer les choses et sa destinée. Elle refuse de subir, et décide de mener ses combats jusqu'au bout, sans pleurer, comme pour rendre hommage à son ancien coequipier, Smith, mort au combat.

Voyant la situation devenir critique, le commandant decide de faire exploser l'Exelion contre le vaisseau amiral Alien, car il ne faut absolument pas que ces derniers atteignent la planète terre.

Au même moment, Noriko, a bord du Gunbuster, sort pas le Hangar 7 et, suivant les encouragements du coach, fonce au combat malgré les 10 minutes d'énergies dont elles disposent pour agir.

Nroiko arrive facilement a se débarasser des Aliens de petites tailles, mais le vaisseau Amiral lui pose problème car elle ne peut l'atteindre avec son rayon à cause de la trop grande vitesse du vaisseau.

Elle décide donc d'arréter le vaisseau en le prennant de pleine face, ce qui a pour effet de transpercer le Gunbuster.

Mais Noriko n'a pas dit son dernier mot et elle arrive à faire exploser le vaisseau gràce aux bras du Gunbuster qui peuvent déclencher une puissance électrique considérable !

L'Exelion et le reste de la flotte sont sauvés, et l'humanité peut souffler, mais pour combien de temps encore ?