Make a pilgrimage to the past...

L'histoire commence quand Mireille Bouquet reçoit un e-mail d'une jeune fille japonaise, Kirika Yuumura, qui lui propose de faire avec elle un pélerinage dans le passé. Mireille est prête à effacer définitivement l'e-mail, quand elle entend la musique attachée à l'e-mail, qui lui rappelle de douloureux souvenir d'enfance. La musique la touche à tel point qu'elle part rencontrer Kirika au Japon.

Les deux femmes s'y rencontrent dans un batiment en construction, et Kirika se présente comme étant "Noir". Mais leur rencontre est perturbée par des hommes armés déterminés à les éliminer. A cette occasion, Mireille, tueuse professionnelle de grand renom, prouve ses qualités, mais Kirika fait preuve d'une habileté dans le maniement des techniques de combat qui incite Mireille à s'intéresser à elle de plus près.

Mireille accompagne Kirika chez elle et lui annonce le résultat de ses recherches : tout indique que l'identité de Kirika a été fabriquée de toutes pièces. Kirika confirme cet état de fait en expliquant qu'elle s'est réveillée un matin sans aucun souvenir, à l'exception du nom de code "Noir" et de deux objet, une arme dont elle semble savoir se servir et un montre à gousset dont l'ouverture déclenche la musique ayant réveillé les souvenirs de Mireille. Kirika est poursuivie par une organisation criminelle dont elle ne sait rien, et bien qu'elle ait réussi à leur échapper jusqu'à présent, elle demande de l'aide à Mireille, connaissant le lien entre cette dernière et la montre à gousset.

Shin no Noir

Les deux femmes font alors un marché : Mireille aidera Kirika à recouvrer la mémoire mais sera obligée de la tuer ensuite. Kirika en sait en effet trop sur le métier de tueuse professionnelle de Mireille. La recherche de l'identité de Kirika va conduire les deux femmes à accepter des missions un peu partout en Europe sous le nom de "Noir". C'est au cours d'une de ses missions qu'elles découvriront une page extraite d'un livre mystérieux et mentionnant un groupe du nom de "Soldats". La nature et l'importance politique de ce groupe seront révélés au fur et à mesure de la série.

Si les premiers épisodes de Noir semblent inscrire les personnages dans un certaine forme de routine (acceptation du mission, collecte d'information puis élimination de la cible), l'histoire bascule quand un nouveau personnage apparaît. Chloé, une tueuse aux qualités exemplaires, apparait dans le 10^ème épisode en aidant Mireille et Kirika. Elle se présente à elles comme "la vraie Noir". Cet évènement va accélerer considérablement les recherches de Mireille et de Kirika sur l'identité de cette derière et sur la nature du groupe "Soldats", ce qui confère à l'histoire une toute nouvelle perspective.

Soldats

"Soldats" s'avère être un lobbie politique mondial puissant et très ancien qui dirige le monde en sous-main, par l'intermédiaire de nombreuses mafia locales et autres organisations criminelles. A l'intérieur de l'association, des dissensions se sont créees qui ont mené aux ordres d'élimination de Kirika. En effet, Altena, chargée d'éduquer un couple de tueuses vouées à faire renaître le mythique assassin "Noir" selon une tradition ancestrale propre à l'organisation "Soldats", se trouve confrontée à des dirigeants de "Soldats" qui craignent qu'elle n'en retire trop de puissance. Elle envoie donc Chloe aider et guider Kirika. D'après l'idée d'Altena, Kirika et Chloe doivent former la vraie Noir quand Kirika aura recouvré la mémoire.