Adolescent de 17 ans, Ayato se voit dans un premier temps forcé par l'Organisation Terra de protéger la terre contre les attaques des envahisseurs MUs en pilotant un robot géant, le Xephon. Extraterrestre MU enlevé par des humains pour affronter sa propre race, Ayato va devoir affronter de gros dilemmes. Pourquoi devrait il combattre pour des inconnus? Comment peut-il se retourner a la fois contre sa terre d'origine, sa mère et sa race? Qui est il vraiment? Quel est son rôle dans ce monde?

Semblant avoir le même âge qu'Ayato, Reika est ce que l'on pourrait apeller l'ange gardien d'Ayato. Pouvant surgir à tout moment, elle aide le jeune pilote dans les moments les plus difficiles. Obsédé par elle Ayato a son cahier de dessin remplit de croquis à l'image de cette fille énigmatique. D'une présence assez volatile, il n'y'a que lui qui semble l'apercevoir.

Innocente jeune fille, Quon est une mélomane possédant le dont de "comprendre" la musique. Elle déambule dans les locaux de la base militaire de l'Organisation Terra sans pourtant avoir le statut de militaire, étrangement. Son rôle dans cette organisation est très flou et ses propos sont toujours énigmatiques. Possédant la même marque qui caractérise les élus sur le ventre qu'Ayato, son destin semble lié au sien.

Bien qu'elle ne soit pas loin de la trentaine, Haruka est restée encore très jeune dans son esprit. Capitaine dans les Unités Spéciales de Terra, elle est en charge de tout ce qui concerne l'espionnage et la collecte d'informations. C'est elle qui a sorti Ayato des griffes des MUs. Très sensible et empathique elle semble avoir le béguin pour le jeune héro malgré leur grande différence d'age. Tout d'abord inconnue pour Ayato, elle semble liée d'une certaine façon avec le passé du jeune homme.

La petite soeur d'Haruka. Megumi ne semble pas porter dans son coeur Ayato, et le lui fait bien savoir. Elle travaille comme sa grande soeur à Terra mais a un rôle bien moindre dans cette organisation. Souffrant des moqueries des jeunes de son age qui vont encore à l'école contrairement a elle, la solitude lui pèse et la rend moins sociable. Elle semble ne pas aprecier sa soeur en plus d'Ayato, un état de fait qui évoluera dans le bon sens au fil de l'aventure.

Kim est la meilleure amie d'Haruka et partagent presque tout ensemble. Ses parents ont été tués par une attaque de MUs alors qu'ils étaient en vacance en Australie. Depuis lors elle a passé sa vie a haïr les envahisseurs  et s'est engagée a Terra une fois l'age minimum d'enrôlement atteint pour lutter contre la menace MU.

Commandant en second de Terra, il prend en charge l'organisation lors que Kunugi est absent. Jeune, beau, gentil, attentionné et subtil, il est aimé secrètement par Megumi et Kim. On ne sait pas comment quelqu'un d'aussi jeune ai pu avoir un poste aussi haut, mais tout ce dont  on peut être sur en voyant le respect qu'il inspire à tout ses subordonnés, c'est qu'il ne l'a pas volé.

Pilote de chasse de l'Organisation, Elvy est une Indonésienne très grande, musculeuse et au caractère bien trempée. D'un naturel fier et combatif, elle n'accepte pas de se fier a un gamin dans cette guerre contre les MUs et va tenter tant que faire se peut de se passer d'Ayato, qui est à ses yeux un civil instable et désobéissant, tout le contraire d'une machine à tuer comme on en produit a l'armée.

Itsuki est un scientifique appartenant a l'organisation. Il s'occupe principalement de Quon et d'Ayato et semble en savoir plus que tout le monde sur les MUs. Dans sa jeunesse il a orienté ses travaux sur l'étude de la musique et s'est vu donné le titre de traducteur de musique par un de ses proches. Il analyse les signaux sonores ou plutôt les mélodies employées par les MUs pour détruire la terre.

Le commandant Kunugi est a la tête de Terra. D'une apparence froide et austère, il va littéralement prendre Ayato pour pour un chien en l'emprisonnant, le faisant combattre pour l'organisation sans aucuns remerciements ou gestes de gratitudes. Il se révèlera plus tard bien plus humain qu'on ne le pense mais donnera l'impression a Ayato qu'il n'est qu'un objet qu'on va utiliser jusqu'au bout avant de se faire jeter comme un Kleenex lorsqu'il ne sera plus d'aucune utilité.

Isshiki est envoyé par la Fédération Terrienne pour surveiller les agissement de Terra. Il est très lié avec Itsuki d'une manière très ambiguë. Bien qu'il ne soit pas membre de l'Organisation Terra, il semble avoir un grand pouvoir sur elle, et à en croire la crainte qu'il inspire aux dirigeants il symboliserait son épée de Damoclès.

Maya est la mère d'Ayato, toujours absorbée par son travail, elle délaisse quelque peu son fils bien qu'elle y tienne énormément. Ayato sait que le travail de sa mère est vital pour le bien de Tokyo, sans pourtant savoir de quelle nature il est.