Nous sommes en 2015, Ayato est un jeune étudiant comme les autres, il consomme paisiblement sa vie de jeune artiste dans la ville de Tokyo Jupiter, toujours accompagné de ses camarades Hiroko et Mamoru. Ses jours ressemblent à celui de la plupart des lycéens, jusqu'à ce qu'un envahisseur inconnu surgisse de nulle part et se mette à attaquer aveuglement sa ville natale. Les bombes pilonnent les grattes ciels, les tanks qui tentent de riposter à cette menace venue du ciel se font désintégrer sous les yeux ébahis du jeune homme. Tétanisé, une mélodie venue de nulle part se fait subitement entendre. D'ou vient elle? Il doit le savoir et part dans sa direction malgré le chaos ambiant. Elle provient de Reika Mishima, la fille qui peuple ses cahiers de dessins. Une demoiselle énigmatique qu'il n'a jamais vu auparavant mais qui peuple ses songes et son subconscient à longueur de journée. N'ayant même pas le temps de souffler les deux adolescents se voient pourchassés par des hommes en noirs, réfugiés dans une ligne de métro Ayato et Reika se font embarquer dans un train pour une destination inconnue. Ils découvrent alors un lieu qui dépasse les limites de son imagination, une place circulaire baignée dans l'eau et surplombée par des ruines en lévitations. Au milieu un Oeuf géant, une mélodie qui se fait de plus en forte, la terre tremble, Ayato se crispe dans de douloureuses convulsions sous le son perçant qui émane de ce lieu. Il s'évanoui. "Réveille toi Ayato". L'oeuf se brise pour laisser apparaître un géant ailé comme un ange. Le Rahxephon est né, lié pour toujours au jeune héro.

Sans rentrer sans les détails, le monde de Rahxephon oppose la planète Terre défendue par l'Organisation Terra à la ville de Tokyo. Oui, vous avez bien lu, la Terre contre Tokyo. Pour mieux comprendre il suffit de savoir que la ville de Tokyo s'est littéralement fait désolidariser de la terre par des extraterrestres (les Muliens), un peu façon soupe au choux. Elle lévite à présent à quelques kilomètres d'altitude, englobée par champ de force relativement impénétrable qui la protége des attaques extérieures et qui lui a valu le nom de Tokyo Jupiter. On ajoute à cela que les notions de temps ne sont pas les mêmes entre Tokyo Jupiter et la Terre, lorsque nous sommes en 2027 sur la Terre, les habitants de Tokyo Jupiter sont encore en 2015. Oui le temps passe plus lentement dans la ville kidnappée. Et la réaction des habitants qui ont été aussi emporté malgré eux dans cette désolidarisation? Ça reste assez flou, leur cerveau aurait été reformaté par les Muliens pour qu'ils puissent accepter cette nouvelle réalité sans effet de panique. Et cela à été fait très efficacement :  On apprend désormais dans les écoles de Tokyo Jupiter que les USA et une grande partie du monde n'existe plus et que l'anglais est devenue une langue morte au même titre que le latin. Tout le monde accepte cette vérité sans poser la moindre question et personne ne pense à s'aventurer hors des frontières de la ville.

Les habitants ne souffrent pas de couvre feu, ni de loi martiale, ni de sacrifices humains ou d'autre bizarreries de ce genre, elle vit sa vie comme si rien ne s'était passé, mais à quelques kilomètre du sol et complètement coupée du monde. Dans quel but les Muliens l'ont t'elle été détachée de la terre alors? A vous de le savoir. Quoi qu'il en soit les terriens sont assez perplexe devant cet évènement et hésitent sur les solutions a employer pour résoudre le problème, Tokyo Jupiter flotte dans les airs comme l'épée de Damoclès et envoie des Dolems, des monstres géants qui tentent d'anéantir comme ils peuvent l'humanité. Un des plus grand désastre qu'ai causé Tokyo Jupiter à la terre est l'éradication pure et simple d'une grande partie de l'Australie. L'humanité en veut aux Muliens et songe fortement à une riposte nucléaire sur Tokyo Jupiter sans savoir que les habitants de cette ville n'ont rien à voir avec cette guerre, pour la simple et bonne raison que le contrôle d'information est tellement efficace à Tokyo Jupiter qu'il ne savent même pas que leur ville est détachée de la terre et qu'ils sont en pleine guerre contre la terre. Etonnant n'est-ce pas?

La terre à crée l'organisation militaire Terra pour lutter contre les Muliens. Elle réussi à percer le champ de force de Tokyo Jupiter et à rapatrier Ayato et son Rahxephon sur terre. S'ensuit une prise de conscience forcée sur la réalité du monde. Ayato va integrer Terra et utiliser son Rahxephon pour protéger comme il peut la terre des attaques des Dolems... En ayant toutefois une pensée pour sa mère et les amis qu'il a laissé sur Tokyo Jupiter.