Une jeune fille se réveille un matin dans une grande maison qui ne lui paraît pas familère, elle est complètement amnésique et seule. Intriguée, elle fouille la maison. Elle y découvre tout d'abord un uniforme scolaire et une carte d'identité avec sa photo, la désignant sous le nom de Kirika Yuumura. En continuant sa fouille, elle trouve dans un tiroir un revolver et une montre à gousset. Son instinct lui suggère que la montre a un rapport étroit avec son passé.

Ses camarades de classe la considèrent comme une élève normale mais Kirika sent que la vérité est toute autre. Ses compétences en combat à mains nues, sa vitesse d'action et sa connaissance parfaite du Beretta M1934 qu'elle a trouvé dans la maison le lui prouvent.

Kirika est poursuivie par une organisation criminelle qui essaie de l'éliminer. Elle réussit à leur échapper régulièrement grâce à ses compétences particulières, mais est perturbée par sa complète absence de remord après avoir tué. Kirika est un personnage solitaire constemment en train de se poser des questions sur sa réelle identité.